Das Kuratorium ist für die Zielsetzung und Leitung des Instituts maßgeblich verantwortlich. Ihm gehören die am Konfessionskundlichen Institut beteiligten Kooperationspartner an.
Dem Kuratorium gehören an:
- Landesbischof Dr. Christoph Meyns, Evangelisch-lutherische Landeskirche in Braunschweig (Vorsitzender)
- Kirchenpräsident i.R. Dr.h.c. Christian Schad, Präsident des Evangelischen Bundes, Speyer (stellvertretender Vorsitzender)
- Pfarrer Matthias Ullrich, Vorsitzender das Landesverbandes des Evangelischen Bundes in Hessen-Nassau und Kurhessen-Waldeck
- Oberkirchenrat Dr. Johannes Wischmeyer, Leiter der Abteilung “Kirchliche Handlungsfelder“ im Kirchenamt der EKD, Hannover
- Professor Dr. Peter Gemeinhardt, Göttingen, Vorsitzender des Wissenschaftlichen Beirats des KI
- Stellvertretende Kirchenpräsidentin Ulrike Scherf, Evangelische Kirche in Hessen und Nassau, Darmstadt
- Oberkirchenrat Markus Jäckle, Evangelische Kirche der Pfalz, Speyer
- Prälat Dr. Marc Witzenbacher, Evangelische Landeskirche in Baden, Schwetzingen
- Oberkirchenrat Prof. Dr. Ulrich Heckel, Evangelische Landeskirche in Württemberg